Mimo jednotlivých členů sdružuje Unie pro řeku Moravu tyto organizace:

Agentura pro rozvoj turistiky na Baťově kanálu http://www.batacanal.cz/
Ekologické sdružení Zahrada Moravy
Ekocentrum Ulita http://ulita.bk.cz/index/pruh.htm
Český a Slovenský dopravní klub http://dopravniklub.ecn.cz/
Děti Země Hodonín http://www.detizeme.cz/hodonin
Hnutí Duha http://www.hnutiduha.cz/
Moravský ornitologický spolek http://www.mos.d2.cz/
Poradní sbor Pálava    
Přátelé Jeseníků - Sojka http://www.pj-sojka.webzdarma.cz/
Pro-Bio s.r.o. http://www.probio.cz/
Daphne - Inštitút aplikovanej ekológie http://www.daphne.sk/
Sagittaria - Sdružení pro ochranu přírody střední Moravy http://www.sagittaria.ecn.cz/
STUŽ regionální pobočka Bílé Karpaty
ZO ČSOP III. Brno http://csop.ecn.cz/
ZO ČSOP Astacus http://csop.ecn.cz/
ZO ČSOP Bodlák http://csop.ecn.cz/
ZO ČSOP Břeclav http://csop-bv.hyperlink.cz/
ZO ČSOP Velké Meziříčí http://csop.ecn.cz/
ZO ČSOP Veronica http://www.veronica.cz/